337 पेपर
यह शोध पत्र diempy को प्रस्तुत करता है, जो संदर्भ-मुक्त जीनोम ध्रुवीकरण एल्गोरिदम (genome polarisation algorithm) diem का एक कुशल पायथन कार्यान्वयन है, जो जीनोमिक डेटा को परिवर्तित करने, संसाधित करने और दृश्यमान बनाने के उपकरण प्रदान करता है ताकि अवास्तविक शुद्ध संदर्भ पैनलों पर निर्भर रहे बिना जनसंख्या संरचना, मिश्रण (admixture), और प्रजातियों की बाधाओं के व्यावहारिक और पुनरुत्पादक अध्ययनों को सक्षम बनाया जा सके।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि क्वींसलैंड फ्रूट फ्लाइज़ में पक्षाघात पैदा करने वाला सिग्मावायरस (BtSV) मातृ प्रधानता के साथ द्विपैतृक रूप से प्रसारित होता है, अक्षम क्षैतिज प्रसार प्रदर्शित करता है, और CO2-प्रेरित पक्षाघात एवं मृत्यु दर को प्रेरित करता है, जो आर्थ्रोपोड वायरस गतिशीलता और कीट प्रबंधन के लिए व्यापक निहितार्थों का सुझाव देता है।
आठ प्राइमेट प्रजातियों में उच्च-गुणवत्ता वाले टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर जीनोम असेंबली का विश्लेषण करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि जबकि Y-लिंक्ड एम्प्लिकोनिक जीन मुख्य रूप से शुद्ध चयन (purifying selection) के अधीन हैं, X-लिंक्ड एम्प्लिकोनिक जीन परिवार व्यापक सकारात्मक चयन और गतिशील प्रति संख्या भिन्नता (copy number variation) प्रदर्शित करते हैं, जो संभवतः शुक्राणु प्रतिस्पर्धा, मियोटिक ड्राइव, या खुराक-निर्भर चयन द्वारा संचालित होते हैं।
यह शोधपत्र प्रस्तावित करता है कि लगभग 3.9-3.8 अरब वर्ष पूर्व भू-रासायनिक परिवर्तनों ने राइबोजाइम्स के सामूहिक विलुप्ति को प्रेरित किया, जिससे हैमरहेड राइबोजाइम जैसे लचीले "जनरलिस्ट" उत्तरजीवी आपदा कर (disaster taxa) के रूप में विस्तारित हुए, जिसने एक पारिस्थितिक विरासत छोड़ी जिसने आधुनिक जेनेटिक कोड की संरचना और संगठन को मौलिक रूप से आकार दिया।
50 मिलियन वर्ष की समयरेखा में साइटोजेनेटिक और जीनोमिक मैपिंग को एकीकृत करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि एलोटेट्राप्लोइड *Xenopus borealis* के संरचनात्मक विकास में तीन विशिष्ट अस्थायी स्तरों में संचित 17 पुनर्व्यवस्थाएं शामिल थीं, जबकि निरंतर लिंग गुणसूत्र होमोजेनिमिज्म (homomorphism) को बनाए रखा गया, जो इस धारणा को चुनौती देता है कि पॉलीप्लोइड संरचनात्मक परिवर्तन केवल पूर्ण-जीनोम डुप्लीकेशन के तुरंत बाद होने वाले तीव्र विस्फोटों के माध्यम से होते हैं।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि रेड हार्वेस्टर चींटियों की एक डिपेंडेंट-लीनिएज आबादी में बढ़ते सूखे ने दुर्लभ J1 वंशावली में भारी गिरावट ला दी है और जनसांख्यिकीय पैटर्न को बदल दिया है, जो यह सुझाव देता है कि तीव्र पर्यावरणीय परिवर्तन जनसंख्या की गतिशीलता को विशिष्ट फेनोटाइपिक लक्षणों पर प्राकृतिक चयन के कार्य करने की तुलना में अधिक तेज़ी से नया रूप दे रहे हैं।
यह अध्ययन X-गुणसूत्र विविधता और जलवायु के बीच संबंध की जांच करता है, जिसमें मिश्रित परिणाम मिले हैं जहाँ तापमान और लिंग-पक्षपाती प्रवासन के साथ प्रारंभिक जुड़ाव विभिन्न डेटासेटों में लगातार पुनरुत्पादित नहीं हुए, जिससे अंततः X-गुणसूत्र विविधता में एक जलवायु संकेत का अस्तित्व अस्पष्ट रह गया।
यह शोधपत्र एक विसरण-आधारित (diffusion-based) मॉडल प्रस्तुत करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि एक बहुजीनी लक्षण (polygenic trait) पर स्थिर चयन (stabilizing selection) के तहत, लक्षण के माध्य का उसके इष्टतम (optimum) से निरंतर विचलन, विभिन्न लोकी (loci) में एक व्यापक और निरंतर जीनी चयन की तीव्रता उत्पन्न करता है, जबकि यह आनुवंशिक प्रसरण (genetic variance) और लक्षण के माध्य की गतिशीलता जैसे स्थूल प्रेक्षणों (macroscopic observables) की भविष्यवाणी करने के लिए एक ढांचा प्रदान करता है।
फॉरवर्ड-टाइम सिमुलेशन के माध्यम से, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि चयन का मोड (हार्ड बनाम सॉफ्ट) जनसंख्या आकार, जेनेटिक लोड और न्यूक्लियोटाइड विविधता के बीच स्केलिंग संबंधों को मौलिक रूप से निर्धारित करता है, जो यह प्रकट करता है कि कैसे सॉफ्ट सिलेक्शन न्यूट्रल डाइवर्सिटी को म्यूटेशनल बर्डन से अलग करता है और लेवोंटिन के विरोधाभास के रूप में ज्ञात जनगणना आकार और जेनेटिक डाइवर्सिटी के बीच कमजोर सहसंबंध के लिए एक यांत्रिक स्पष्टीकरण प्रदान करता है।
यह अध्ययन इन्फ्लुएंजा हेमाग्लुटिनिन के लिए एक अनुमानित द्वितीयक संरचना का उपयोग करके एक परिचालन जीनोटाइप-फेनोटाइप मानचित्र का निर्माण करता है ताकि यह प्रकट किया जा सके कि प्रोटीन न्यूट्रल नेटवर्क मजबूत फेनोटाइपिक पूर्वाग्रह, स्थानीय रूप से संरचित लेकिन वैश्विक रूप से बाधित कनेक्टिविटी, और RNA प्रणालियों की तुलना में सीमित दीर्घ-रेंज विकास क्षमता द्वारा अभिलक्षित हैं।